Ege Üniversitesi, Su Ürünleri Fakültesi’nden 1997 yılında Lisans, 2000 yılında E.Ü. Fen Bilimleri Enstitüsü Su Ürünleri Yetiştiriciliği Anabilim Dalından Yüksek Lisans ve 2005 yılında aynı Anabilim Dalından Doktora derecesini almıştır. Aynı üniversiteye 1999 yılında Araştırma Görevlisi olarak atanmış ve bu görevini 2009 yılına kadar sürdürmüştür. Akademik yaşantısına Aydın Adnan Menderes Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Su Ürünleri Mühendisliği Bölümünde 2009-2010 yılları arasında Yrd. Doç. Dr., 2010-2015 yılları arasında Doç. Dr. ve 2015 yılından itibaren de Prof. Dr. olarak devam etmektedir.
Bilimsel anlamda, 2025 yılı itibariyle, 4 adet kitapta editörlük ve bölüm yazarlığı, 61 adet bilimsel makalesi, 55 adet bilimsel bildirisi, 71 adet ulusal/uluslarası ölçekte projesi ile birlikte makalelerine binden fazla atıf yapılmış ve birçok sempozyum ile derginin de editörlüğünü yapmış veya yapmaktadır. Bunlara ilaveten 2002-2003 yılları arasında Tokyo Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Üniversitesi’nde ve Mayıs 2012’de Humboldt University of Berlin’de çalışmalarda bulunmuştur.
Akademik yaşamı boyunca Araştırma Görevlisi Temsilciliği, Hayvan Deneyleri Yerel Etik Kurulu Üyeliği, Eğitim-Öğretim-Mevzuat-İntibak Komisyonu üyeliği, Etik Kurul Başkanlığı, Fen Bilimleri Enstitüsü Yönetim Kurulu üyeliği, Dekan Yardımcılığı, Bölüm Başkanlığı, Anabilim Dalı Başkanlığı gibi birçok idari görevde yer almıştır/almaktadır.
SUMTEK Yönetim Kurulu Başkanı, Ziraat Mühendisleri Odası üyesi ve Su Ürünleri Derneği 2. başkanı olarak görev yapmaktadır.
Prof. Dr. Deniz ÇOBAN, Nisan 2022 tarihinden itibaren Ziraat Fakülteleri Eğitim Programları ve Akreditasyon Kurulu (ZAK) Üyesi olarak görev yapmaktadır.